ด้วยเหตุที่จังหวัดนราธิวาส จังหวัดชายแดนใต้สุด ของประเทศไทย มีลักษณะเป็นพื้นที่ลุ่มต่ำ จึงมีน้ำขังตลอดทั้งปี หรือที่เรียกว่า ดินพรุ ซึ่งเป็นดินคุณภาพต่ำ ไม่เหมาะแก่การปลูกพืชทำการเกษตร เนื่องจากในดิน มีกรดกำมะถันทำให้ดินเปรี้ยว
พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว จึงได้พระราชทาน พระราชดำริ ให้ก่อตั้งศูนย์ศึกษาการพัฒนาพิกุลทองฯ ขึ้นในปี พ.ศ. 2525 เพื่อบรรเทาและแก้ไขปัญหาเหล่านี้ ให้หมดไปอย่างยั่งยืน ไม่ให้ที่ดินเปล่าประโยชน์ ทำการศึกษา วิจัยทดลอง เพื่อหาแนวทางในการพัฒนาพื้นที่ดินพรุให้สามารถใช้ประโยชน์ทางการเกษตรได้อย่างเหมาะสม มีประสิทธิภาพ ภายใต้การดำเนินงานในรูปแบบพิพิธภัณฑ์ธรรมชาติที่มีชีวิต
ศูนย์ศึกษาการพัฒนาพิกุลทองฯ จึงเป็นทั้งตัวอย่างและต้นแบบสำหรับเกษตรกร และผู้สนใจที่สามารถแวะเวียนมาศึกษา เพื่อปรับใช้เป็นแนวทางในการประกอบอาชีพ และประยุกต์ใช้ให้เกิดประโยชน์สูงสุดแก่ตนเองอย่างยั่งยืนต่อไป
